3×3 Eyes เป็นเรื่องราวของเผ่าซันจิยังอุงคาร่าคนสุดท้าย เหตุการณ์ทั้งหมดเริ่มต้นขึ้นเมื่อ 4 ปีก่อน ภายหลังจากที่ศาสตราจารย์ฟูจิอิ นักค้นคว้าและศึกษาเกี่ยวกับอารยธรรมโบราณ ได้หายตัวอย่างสาบสูญไร้ร่องรอย ระหว่างเดินทางไปค้นหาอารยธรรมโบราณที่ประเทศธิเบต ฟูจิอิ ยาคุโมะ ผู้เป็นลูกชาย ได้ออกติดตามค้นหาพ่อที่ธิเบต ระหว่างสำรวจหาร่องรอยของพ่อ ก็ปรากฏร่างของเด็กผู้หญิงคนหนึ่งชื่อ ไป๋ พร้อมกับจดหมายจากศาสตราจารย์ฟูจิอิที่หายสาบสูญไป
เนื้อความในจดหมายที่ไป๋ถือมานั้น ทำให้ยาคุโมะรู้ว่าไป๋คือเผ่าซันจิยังอุงคาร่าที่มีวิชาอมตะ และเหลือรอดชีวิตเพียงคนเดียวจากการทำลายเผ่าซันจิยังอุงคาร่าของราชาตามาร ไป๋พยายามหาหนทางที่จะละทิ้งความเป็นอมตะของตนเองเพื่อเป็นมนุษย์ และมี อู หรือมนุษย์อมตะ ซึ่งมีชีวิตและความผูกพันกับเผ่าซันจิยังอุงคาร่า ยาคุโมะรับรู้เรื่องราวของไป๋อย่างไม่เชื่อในเรื่องราวที่เกิดขึ้น แต่ภายหลังยาคุโมะได้พบกับทาคุฮิ ซึ่งเป็นสัตว์อสรูและถูกทำร้ายจนเกือบตาย แต่ได้ ซันจิยัง (บุคลิกอีกคนในตัวของไป๋)ช่วยชีวิตเอาไว้ด้วยการกลืนวิญญาณของยาคุโมะเข้าไปภายในร่างกาย ทำให้ยาคุโมะกลายเป็นอู มนุษย์อมตะเหมือนกับในจดหมายที่ศาสตราจารย์ฟูจิอิเขียนบอกไว้
ยาคุโมะมีหน้าที่คอยปกป้องเจ้านายของตนคือไป๋ และออกเดินทางค้นหาวิธีการต่าง ๆ เพื่อที่จะทำให้ไป๋กลับมาเป็นมนุษย์เช่นเดียวกับเขา ในระหว่างเดินทาง ไป๋และยาคุโมะพบกับรูปปั้นมนุษย์ ซึ่งเป็นสิ่งสำคัญอย่างยิ่งในการที่จะใช้ประกอบพิธีการเพื่อกลายเป็นมนุษย์ และได้รับรู้ว่าพวกปีศาจจำนวนมาก พยายามหาทางชุบชีวิตของราชาตามาร ราชาแห่งโลกปีศาจให้ฟื้นกลับคืนมาอีกครั้ง ไป๋ถูกเล่นงานจากพวกปีศาจหลายต่อหลายครั้ง แต่ได้ยาคุโมะคอยช่วยเหลือ ราชาตามารหรือ ศิวะ เป็นผู้ที่ใช้ตาที่สามในการทำลายล้างเผ่าซันจิยังอุงคาร่า และเป็นราชาคนสุดท้ายของเผ่านี้ที่ต้องการสร้างเผ่าซันจิยังอุงคาร่าในรูปแบบใหม่
ไป๋และยาคุโมะ ต้องพยายามหยุดแผนการฟื้นคืนชีพของราชาตามาร ที่ต้องการทำลายล้างโลกมนุษย์ ยาคุโมะต่อสู้กับเหล่าปีศาจของราชาตามาร จนพบกับ เบนาเลส อูของราชาตามารและลูกสมุนจำนวนมาก แต่ต้องพ่ายแพ้แก่ฝีมือที่เก่งกาจของเบนาเลส ที่สามารถควบคุมสัตว์อสูรได้ ยาคุโมะไม่ยอมแพ้ พยายามฝึกฝนฝีมือการต่อสู้จนสามารถเรียกสัตว์อสูรและควบคุมสัตว์อสูรของตนเองได้ เช่น เล็บปฐพี คูยอง กวงเอี๋ย
แต่ยาคุโมะและซันจิยังก็ไม่สามารถหยุดยั้งการคืนชีพของราชาตามารได้ และเบนาเลสก็ใช้ผู้คนในเมืองโตเกียวเป็นตัวประกันต่อรองกับยาคุโมะ ให้ไปตามหาซันจิยังอุงคาร่าคนที่สามในโลกต่างมิติ มาประกอบพิธีกรรมกลายเป็นมนุษย์ เพราะร่างของราชาตามารที่คืนชีพขึ้นมานั้นอ่อนแอมาก จากการถูกผนึกไว้ในศิลาเป็นเวลานาน ซึ่งการทำพิธีนั้นต้องใช้ซันจิยังอุงคาร่าอีกสองคนมาร่วมประกอบพิธีด้วย
จากการไปโลกต่างมิติทำให้ยาคุโมะ ได้รับความช่วยเหลือจาก อุษา ซันจิยังอุงคาร่า ผู้นำเผ่าเทพและราตรีร่างก๊อปปี๊ของอุษา และได้ อามาร่า อูของอุษา มาช่วยต่อสู้เพื่อหยุดยั้งการทำพิธีเปลี่ยนเป็นมนุษย์ของราชาตามาร แต่ในที่สุดราชาตามารก็สามารถทำพิธีได้สำเร็จ โดยใช้อุษาและราตรี แทนไป๋ซึ่งเป็นคนที่ราชาตามารต้องการตัว เมื่อราชาตามารได้ร่างกายกลับคืน จึงเริ่มแผนการสร้างโลกใหม่ ด้วยการแพร่เชื้อร้ายเพื่อทำลายมนุษย์ทั่วโลก และจับตัวไป๋ไปเพื่อสร้างร่างก๊อปปี้ขึ้นมาคือ กาลี ไว้ประกอบพิธีอีกครั้ง
ยาคุโมะและอามาร่า ลอบเข้าแดนศักดิ์สิทธิ์เพื่อช่วยไป๋ และได้ต่อสู้กับเบนาเลสอีกครั้ง จนค้นพบการปล่อยพลังอันไร้ขีดจำกัดของอูในช่วงขณะที่ผู้เป็นนายตกอยู่สภาพอันตราย และสามารถช่วยไป๋ออกมาได้ แต่ด้วยแผนการสุดท้ายของราชาตามารในการทำให้โลกกลับสู่ความว่างเปล่า ทำให้ยาคุโมะต้องเข้าต่อสู้กับเบนาเลส และในการปะทะกันครั้งสุดท้าย อูทั้งคู่ได้ใช้พลังอันไร้ขีดจำกัดเข้าต่อสู้กัน
โดยเบนาเลสใช้การปลดปล่อยสัตว์อสูรที่มีอยู่ทั้งหมดออกมาโจมตีใส่ยาคุโมะ ซึ่งยาคุโมะเองก็รู้ดีว่าถึงจะมีพลังไร้ขีดจำกัดแต่ปริมาณสัตว์อสูรของตนเองน้อยกว่า ถ้าใช้วิธีการโจมตีแบบเดียวกันต้องแพ้อย่างแน่นอน ในช่วงเสี้ยวนาทีนั้นยาคุโมะก็ตัดสินใจเปลี่ยนพลังและสัตว์อสูรของตัวเองทั้งหมด เป็นพลังแสงยิงเข้าใส่เบนาเลส และสามารถเอาชนะได้ในที่สุด
วิธีที่จะช่วยเหลือผู้คนที่ถูกแพร่เชื้อร้ายและนำจิตรวมเข้ากับจิตของราชาตามาร จะต้องเข้าไปในจิตของราชาตามารและแยกจิตแต่ละคนกลับออกมา ซึ่งอันตรายและไม่รู้ว่าจะทำสำเร็จหรือไม่ แต่ไป๋และยาคุโมะก็พร้อมที่จะเสี่ยงเพื่อผู้คนทั้งโลก
