ในขณะที่ต่อสู้กับ Gorilla Grodd ที่ Arkham Asylum แบทแมนติดอยู่ในเครื่องแทนที่เวลา Quake Engine ของ Grodd และถูกส่งไปยังศักดินาญี่ปุ่น ที่นั่นเขาถูกไล่ล่าโดยซามูไรที่ทำงานให้กับโจ๊กเกอร์ ในระหว่างการหลบหนีแบทแมนได้พบกับแคทวูแมนซึ่งเผยให้เห็นว่าทุกคนมาถึงก่อนหน้านี้สองปี (เนื่องจากแบทแมนอยู่ในพื้นที่ด้านนอกสุดที่ได้รับผลกระทบจาก Quake Engine) เขาเรียนรู้จากเธอว่าอาชญากรระดับแนวหน้าของเมือง Gotham ทั้งหมดได้กลายเป็นขุนนางศักดินาหลังจากหลอกลวง Sengoku daimyōต่อสู้กันจนเหลือเพียงรัฐเดียว เพื่อหยุดยั้งคนร้ายไม่ให้เปลี่ยนแปลงประวัติศาสตร์แบทแมนและแคทวูแมนต้องเข้าไปที่ Quake Engine ใน Arkham Castle (เดิมคือโรงพยาบาล) แบทแมนพบว่าอัลเฟรดเพนนีเวิร์ ธ ก็อยู่ในอดีตเช่นกันและได้สร้าง Batcave นอกเอโดะ
เมื่อกองทหารของโจ๊กเกอร์ซุ่มโจมตีที่ซ่อนแบทแมนก็บุกเข้ามาในแบทโมบิลของเขาไปยังปราสาทอาร์กแฮมซึ่งเปลี่ยนเป็นป้อมปราการหุ่นยนต์ขนาดยักษ์ เช่นเดียวกับที่แบทแมนเผชิญหน้ากับโจ๊กเกอร์เขาถูกบังคับให้จากไปและช่วยแม่และเด็กที่อยู่ด้านล่างจากการถูกมือของหุ่นยนต์บดขยี้ เขาเปลี่ยน Batcycle เป็นชุดหุ้มเกราะเพื่อเอาชนะซูโม่สารพิษและหยุดมือหุ่นยนต์เพียงเพื่อเรียนรู้ว่าแม่คือฮาร์ลีย์ควินน์ปลอมตัว ในขณะที่แบทแมนถูกล้อมรอบไปด้วยสมุนของโจ๊กเกอร์ทันใดนั้นเขาก็ถูกนินจานำโดยเออันแห่งตระกูลค้างคาวแห่งฮิดะ เขาเรียนรู้ว่ากลุ่มค้างคาวช่วยไนท์วิงค์เรดฮูดโรบินและเรดโรบินเมื่อพวกเขามาถึงและกลุ่มได้ปฏิบัติตามคำทำนายของนินจาค้างคาวต่างชาติที่คืนคำสั่งให้กลับคืนสู่ดินแดน โรบินให้คำเชิญแบทแมนจาก Grodd ไปยังบ่อน้ำพุร้อนที่อยู่ใกล้ ๆ ที่นั่น Grodd อธิบายว่าเขาตั้งใจจะส่งคนร้ายไปไกล ๆ เพื่อที่เขาจะได้ยึด Gotham ด้วยตัวเอง แต่การแทรกแซงของ Batman ส่งพวกเขาทั้งหมดไปที่ศักดินาญี่ปุ่นแทน แบทแมนและกรูด์ตกลงที่จะทำงานร่วมกันเพื่อกลับไปที่ก็อตแธม
Batman, Grodd, Catwoman, Bat-Family และ Bat Clan ต่อสู้กับ Joker และกองกำลังของเขาที่ริมแม่น้ำ พวกเขาเอาชนะโจ๊กเกอร์และฮาร์เลย์ แต่ Grodd เปลี่ยนเป็นแบทแมนเผยให้เห็นพันธมิตรของเขากับทูเฟซก่อนที่โจ๊กเกอร์และฮาร์เลย์จะหลบหนีและระเบิดเรือของพวกเขาเองทำให้แบทแมนตก หลังจากจับตัวแปลงไฟจากฮาร์เลย์ได้แคทวูแมนพยายามต่อรองกับกร็อดเพื่อพาเธอกลับไปที่ก็อตแธม อย่างไรก็ตามพวกเขาจำเป็นต้องได้รับตัวแปลงพลังงานอื่น ๆ จาก Penguin, Poison Ivy และ Deathstroke เพื่อให้ Quake Engine สมบูรณ์ สองวันต่อมาแบทแมนฟื้นจากบาดแผลและกระตุ้นให้ครอบครัวค้างคาวเรียนรู้วิถีของนินจาเพื่อเอาชนะ Grodd เรดฮูดเป็นที่ตั้งของโจ๊กเกอร์และฮาร์ลีย์ แต่แบทแมนพบว่าพวกเขาสูญเสียความทรงจำจากการระเบิดและใช้ชีวิตในฐานะเกษตรกร
หนึ่งเดือนต่อมาคนร้ายระดมหุ่นยนต์ปราสาทของพวกเขาเพื่อต่อสู้ที่ “Field of Hell” แบทแมนนำตระกูลค้างคาวและตระกูลค้างคาวเข้าสู่สนามรบ หลังจากเอาชนะคนร้ายคนอื่น ๆ แล้ว Grodd ทำให้พวกเขาอยู่ภายใต้การควบคุมจิตใจของเขาโดยมีเจตนาที่จะปกครองประเทศด้วยตัวเอง อย่างไรก็ตามโจ๊กเกอร์และฮาร์เลย์ชนปาร์ตี้ของเขาจากด้านบนและยึดปราสาทของพวกเขาคืนจาก Grodd Bat-Family ช่วย Catwoman และ Grodd ก่อนที่ Joker จะรวมปราสาททั้งหมดเข้ากับ Lord Joker สุดยอดหุ่นยนต์ Grodd ที่ได้รับบาดเจ็บทำให้แบทแมนสามารถควบคุมกองทัพลิงของเขาได้ โรบินช่วยให้พวกเขารวมตัวเป็นลิงซามูไรยักษ์ตัวเดียวเพื่อต่อสู้กับหุ่นยนต์ของโจ๊กเกอร์ จากนั้นลิงซามูไรรวมตัวกับฝูงค้างคาวเพื่อสร้าง Batgod เพื่อเอาชนะ Lord Joker ก่อนที่ Bat-Family จะบุกเข้าไปในปราสาทเพื่อต่อสู้กับเหล่าร้าย โจ๊กเกอร์เผยให้แบทแมนฟังว่าในฐานะเกษตรกรเขาและฮาร์ลีย์ปลูกดอกไม้พิเศษที่ทำให้ความทรงจำของพวกเขากลับมาอีกครั้งเมื่อพวกเขาบาน ในขณะที่ปราสาทล่มสลายแบทแมนและโจ๊กเกอร์ต่อสู้กันด้วยดาบ แบทแมนเอาชนะโจ๊กเกอร์ได้ด้วยทักษะนินจา เมื่อโจ๊กเกอร์และวายร้ายก็อตแธมพ่ายแพ้ศักดินาญี่ปุ่นจึงกลับคืนสู่สภาพเดิมและตระกูลค้างคาวพาคนร้ายกลับสู่ยุคปัจจุบัน
แคทวูแมนขายอาวุธและเฟอร์นิเจอร์จากหุ่นยนต์ในปราสาทไปยังร้านขายของเก่าในช่วงเครดิตกลางขณะที่บรูซขี่รถแบตโมบิลที่ขับเคลื่อนด้วยม้าไปงานเลี้ยงที่นายกเทศมนตรีจัดขึ้น
While battling Gorilla Grodd at Arkham Asylum, Batman is caught in Grodd’s Quake Engine time displacement machine and sent to feudal Japan. There, he is chased by samurai working for the Joker. During his escape, Batman meets up with Catwoman, who reveals everyone else arrived two years earlier (due to Batman being in the outermost area affected by the Quake Engine). He learns from her that all of Gotham City’s top criminals have become feudal lords after deceiving the Sengoku daimyō, battling each other until only one state remains. In order to stop the villains from altering history, Batman and Catwoman must get to the Quake Engine in Arkham Castle (formerly the asylum). Batman discovers that Alfred Pennyworth is also in the past and has built a Batcave outside Edo.
When the Joker’s troops ambush the hideout, Batman storms his way in his Batmobile towards Arkham Castle, which transforms into a giant robot fortress. Just as Batman confronts the Joker, he is forced to leave and save a mother and child below from being crushed by the robot’s hand. He transforms his Batcycle into an armored suit to defeat a sumo Bane and stop the robot hand, only to learn the mother is Harley Quinn in disguise. As Batman is surrounded by the Joker’s minions, he is suddenly whisked away by ninja led by Eian of the Bat Clan of Hida. He learns the Bat Clan helped Nightwing, the Red Hood, Robin and the Red Robin upon their arrival and the clan has followed a prophecy of a foreign bat ninja restoring order to the land. Robin gives Batman an invitation from Grodd to a nearby hot spring. There, Grodd explains he intended to send the villains far away so he could take Gotham for himself, but Batman’s interference sent them all to feudal Japan instead. Batman and Grodd agree to work together to return to Gotham.
Batman, Grodd, Catwoman, the Bat-Family and the Bat Clan battle the Joker and his forces by the river. They defeat the Joker and Harley, but Grodd turns on Batman, revealing his alliance with Two-Face before the Joker and Harley escape and blow up their own ship, taking Batman down with it. Having captured a power converter from Harley, Catwoman attempts to bargain with Grodd in bringing her back to Gotham; however, they need to obtain other power converters from the Penguin, Poison Ivy and Deathstroke to complete the Quake Engine. Two days later, Batman recovers from his wounds and encourages the Bat-Family to learn the ways of the ninja in order to defeat Grodd. The Red Hood locates the Joker and Harley, but Batman discovers they lost their memories from the explosion and are living as farmers.
A month later, the villains mobilize their castle robots for battle at the “Field of Hell”. Batman leads the Bat-Family and the Bat Clan into the battlefield. After defeating the other villains, Grodd puts them under his mind control, with the intent of ruling the country himself. The Joker and Harley, however, crash his party from above, reclaiming their castle from Grodd. The Bat-Family saves Catwoman and Grodd before the Joker merges all of the castles into the super robot Lord Joker. An injured Grodd gives Batman control of his army of monkeys; Robin enables them to merge into one giant samurai monkey to battle the Joker’s robot. The samurai monkey then combines with a swarm of bats to form the Batgod to defeat Lord Joker before the Bat-Family storm into the castle to battle the villains. The Joker reveals to Batman that as farmers, he and Harley planted special flowers that triggered their memories back once they bloomed. As the castle falls, Batman and the Joker engage in a sword fight. Using his ninjutsu skills, Batman defeats the Joker. With the Joker and the Gotham villains defeated, feudal Japan is restored to its original state and the Bat-Family takes the villains back to the present day.
In a mid-credits sequence, Catwoman sells weapons and furniture from the castle robots to an antique shop, while Bruce rides a horse-driven Batmobile to a party hosted by the mayor.
